长城会议的运行组织机制包括：联席会议、执行委员会、办公室。联席会议负责领导决策，执行委员会负责会议重要事项组织协调、重大决策执行与监督，办公室为常设日常工作机构。长城会议的外部指导与咨询组织是专家咨询委员会，作为长城会议的指导、咨询、建议与评议机构。